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genbank数据库_GenBank数据库里面的字段包括
tamoadmin 2024-06-10 人已围观
简介1.ncbi,embl和什么并称三大数据库?2.ncbi 基因组dna序列是哪一个3.三大核酸数据库的特点4.genbank登录号的含义5.Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异在Genbank里输入你要找的物种或基因名,最好是查找该物种全序列,然后把你要扩增的序列复制导入primer premier进行引物设计,设计好的引物再在Blast里比对一下,看看有没有和其他物种或序列相同,如有相
1.ncbi,embl和什么并称三大数据库?
2.ncbi 基因组dna序列是哪一个
3.三大核酸数据库的特点
4.genbank登录号的含义
5.Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异
在Genbank里输入你要找的物种或基因名,最好是查找该物种全序列,然后把你要扩增的序列复制导入primer premier进行引物设计,设计好的引物再在Blast里比对一下,看看有没有和其他物种或序列相同,如有相同,则说明这个引物特异性不高,不能用。
ncbi,embl和什么并称三大数据库?
Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列,以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。到1999年8月,Genbank中收集的序列数量达到460万条,34亿个碱基,而且数据增长的速度还在不断加快。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库,或下载积累的新数据。
NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务,用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。
ncbi 基因组dna序列是哪一个
DDBJ:DNA Data Base of Japan 是日本人建立的核酸数据库;
NCBI中的Genbank是美国建立的核酸数据库;
EMBL是欧洲建里的核酸数据库;
这三个数据库是连通的,数据共享。
三大核酸数据库的特点
要回到这个问题,还要从ncbi网站的GenBank数据库的创建说起。GenBank数据库是用来收集生物学基因测序的结果。如果你学过分子生物学,做过PCR试验就会知道RNA非常不稳定,容易讲解。PCR试验的模板和产物都是DNA序列。另外,也许还会有疑问,DNA序列是双链,数据库里的序列是哪一条。这是分子生物学的约定俗称的习惯,数据库里是正义链,也就是从左到右是3'到5'。也就是DNA酶复制的方向。
因为GenBank数据库保存的都是原始数据,所以就没有必要转换成RNA序列,如果你有特殊的序列分析需求(例如RNA结构预测)你可以用t-u转换即可。
genbank登录号的含义
三大核酸数据库的特点分别是:
1、Genome收录的物种涉及所有的生物领域:细菌、古细菌、真核生物,以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒以及含有遗传物质的细胞器。
2、Gene数据库收录全部已测序物种的基因注释信息,包括基因的名称、染色体定位、基因序列和编码产物(mRNA、蛋白质)情况、基因功能和相关文献信息等,并与GenBank、OMIM、遗传多态数据库(如dbSNP、dbVar)等NCBI子库,及KEGG、GeneOntology等外源性数据库进行交叉引用。
3、GenBank是NIH遗传序列数据库,集成了所有公开可获得的已注释DNA序列,其收录的核酸序列数据根据不同的研究属性,分属于Nucleotide、GSS和EST三个子库。
Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异
基因序列。
在genbank数据库中,输入要查找的基因序列,进行搜索,可以看到具体是什么东西的DNA序列。
基因银行(GenBank)是一个开放获取的串行数据库,对所有公开可利用的核苷酸串行与其翻译的蛋白质进行收集并注释。
一种特殊的文件格式!表示数据库文件,foxbase,dbase,visual
foxpro,等数据库处理系统所产生的数据库文件!
打开方式
dbf
viewer
pro
是一个用于
windows
下的
dbf
数据库文件管理器。
可用foxpro打开
还可用excel进行打开